Засновником закладу є Шосткинська міська територіальна громада в особі Шосткинської міської ради Сумської області
Уповноваженим органом засновника є управління освіти Шосткинської міської ради
Безпосереднім керівником навчального закладу є директор школи.
Богданівський навчально-виховний комплекс має два підозділи: загальноосвітня школа І-ІІІ ступенів та дошкільний підрозділ.
Управління навчальним закладом носить державно-суспільний, демократичний характер і здійснюється через колегіальні органи:
- педагогічну раду,
- методичну раду
- загальні збори колективу,
- батьківська рада
- учнівський парламент